A pécsi székeskáptalan közel egyidős az I. (Szent) István által 1009. augusztus 23-án alapított pécsi püspökséggel. Feltehetően a kezdetektől saját levéltára (archivum capitulare) alakult ki, amelyből az első, káptalanra vonatkozó fennmaradt írásos forrás az 1176. évből való. A székeskáptalan levéltárát oklevelek már 1341-ben és 1348-ban említik camera seu sacristia, illetve conservatorium néven. Iratkibocsátó tevékenységének bizonyítéka többek között a Magyar Nemzeti Levéltár Országos Levéltárában is őrzött, a pécsi káptalan által kiadott több oklevél.
A török közeledtének hírére a székeskáptalan 1543-ban Pozsonyba akarta menekíteni iratait, de útközben az iratok egyik része elkallódott, másik része megsemmisült. Koller József (1745–1832) káptalani levéltáros (később nagyprépost) a 18. század végén ezekből az elveszett iratokból többet felkutatott és visszaszerzett, illetve lemásoltatott, s ezek részben a Püspöki Levéltárban (PEL I.1.a.1.), részben a Káptalani Levéltárban (PEL II.1.a.), továbbá a pécsi Egyetemi Könyvtárban találhatók meg.
A török 17. század végi kiűzése után a káptalan rövidesen újból megkezdte működését. Ezen évtizedekben keletkezett iratainak különös jelentőséget ad az a körülmény, hogy az egyházmegye püspökei közel fél évszázadig csak elvétve tartózkodtak Pécsett, s az egyházkormányzati teendőket levelezés útján intézték, amelynek írásos emlékei legnagyobbrészt a Káptalani Magánlevéltárban (archivum privatum) találhatók.
Jelenlegei helyén a 18. század végétől található a levéltár, akkor épült meg ugyanis a székeskáptalan székháza (domus capitularis), amely a kanonokokból álló testület egészének céljait szolgálta. Ebben kapott egy helyiséget a levéltár, amelynek iratanyaga egészen az 1940-es évek végéig folyamatosan gyarapodott. Korábban, a 18. században a székesegyház északkeleti tornyában őrizték a levéltárat.
A 21. század elején jelentős felújításokon ment keresztül a levéltár épülete: 2009-ben külsőleg újították fel, 2012-ben pedig – közel száz év elteltével – a levéltár helyisége lett teljes egészében felújítva, majd 2013. április 4-én megáldva.
A káptalan levéltárosai közül a már említett Koller József mellett munkatársa, Letenyei István (az iratokat Kollerrel együtt rendezték és máig jól használható katalógussal látták el), a 19. század első feléből Aigl Pál (levéltári adatok alapján adta ki 1838-ban a Historia brevis venerabilis capituli [...] c. művét), a 20. század első feléből Rézbányay József (10 év alatt lényegében új levéltárat alkotott, valamint jelentős rendezési és segédletkészítési munkákat végzett), a század második feléből pedig Petrovich Ede (kiemelkedő levéltárosi és tudományos munkásságát emléktábla őrzi a székesegyházi plébánia nyugati falán) neve emelhető ki.
Káptalani levéltárosok (1816–2015):
1816 – 1830: Korbélyi Pál (v)
1831 – 1856: Sugh Ferenc (v)
1856 – 1866: Majorossy János (v)
1866 – 1870: Spies János
1870 – 1907: Bokor Ferenc (v)
1907 – 1917: Rézbányay József
1917 – 1921: Szőnyi Ottó
1921 – 1942: Magyar Sándor (v)
1934 – 1946: Kiss Ernő (v)
1942 – 1945: Litványi László (v)
1945 – 1947: Petrovich Ede
1947 – 1951: Lajos Gyula
1951 – 1978: Petrovich Ede
1978 – 1996: Várnagy Antal
1996 – 1997: Molnár Péter (v)
1997 – 2007: Horváth István (v)
2007 – 2015: Damásdi Zoltán (v)
Irodalom:
- Kovács Zoltán: Fejezetek a Pécsi Káptalani Levéltár történetéből (19-20. század). In: Kokovai Szabina – Pohánka Éva (szerk.): Ünnepi tanulmányok Móró Mária Anna tiszteletére. Pécs, 2009. 159–177.
- Petrovich Ede: A pécsi káptalani levéltár épületének története. Janus Pannonius Múzeum évkönyve, 1963.